锗烷为剧毒、可分解爆炸物质，因此对整个生产工艺流程设备材质的选择和处理方面有一定的难度，特别是对反应系统的密闭性和尾气的处理更应该重视。锗烷剧毒，会影响神经功能和外周血液，与其他重金属氢化物一样毒性很强。大鼠吸入浓度为150ppm的氢化锗蒸气1小时，1天后致死。家兔吸入浓度为100ppm的蒸气时在1个月后即倒下。